實驗干貨 | 一文快速掌握單細胞核RNA測序
單細胞測序（Single-Cell Sequencing）是生命科學研究的***個重要工具，它允許科學***在單個細胞水平上研究基因組、轉錄組和表觀基因組。其重要性在于它能夠揭示細胞間的微妙差異，而這些差異在使用傳統的多細胞的測序技術時可能會被忽視。
在生物醫學研究中，單細胞測序的應用非常廣泛，涵蓋了諸如：癌癥研究、發育生物學、神經科學、免疫學等諸多方面。同時，單細胞測序還在新冠病毒研究中發揮了重要作用，幫助科學***理解病毒如何影響不同的細胞類型，以及宿主細胞的免疫反應。單細胞測序能幫助研究者更深入理解細胞的復雜性和生物體的功能機制。
▲ scRNA-seq
盡管單細胞測序技術展現出在生物醫學領域研究方面具備卓越的突破性潛能，然而仍有諸多局限因素需要應對。在樣本準備和細胞分離上，單細胞測序的結果高度依賴于能否成功將單個細胞從復雜的組織結構中***分離出來。這意味著對于組織解離而成的細胞懸液的細胞活性和細胞數目有著較高的要求，這進***步決定了絕大多數經過冷凍處理的寶貴臨床樣品并不適宜開展單細胞核RNA測序。
值得注意的是，單細胞核RNA測序（snRNA-seq）相比于傳統的單細胞RNA測序（scRNA-seq），具有***些顯著優勢。 1 樣本適用性廣泛 snRNA-seq不僅適用于新鮮樣本，也適合于難以解離的樣本和冰凍樣本，這使得它能夠利用那些存放在超低溫冰箱中的珍貴臨床樣本。 2 減少人為引入的轉錄偏差 由于細胞核在凍存狀態下的轉錄活動已經被抑制并固定，snRNA-seq可以更真實地反映細胞的轉錄狀態，從而提高數據的可靠性。 3 提高細胞類型的全面性 snRNA-seq通過機械破碎或化學破碎直接從凍存狀態下提取細胞核，避免了酶解法可能引入的解離偏好性，從而更全面地回收細胞類型。 4 操作步驟相對簡單 提取細胞核的過程相對于制備單細胞懸液來說更簡單，降低了細胞核損耗的可能性。 5 增加了細胞類型鑒定的分辨率 snRNA-seq通過分析細胞核內的RNA，包括內含子區域的reads，提高了識別細胞類型的敏感性。
總的來說，snRNA-seq是***個強大的工具，能夠解決scRNA-seq中存在的***些主要問題。 瑞沃德提供組織單細胞核提取與文庫預構建解決方案
“ 組織樣本解離
瑞沃德單細胞懸液制備儀可***鍵上機，內置專用提核程序***機械切割，可以將不同來源的組織樣本進行細胞解離，從新鮮和冷凍的組織樣本中高效、快速的獲得單核懸浮液。將組織切成小塊，投入瑞沃德組織處理管中混合試劑，運行預設提核程序解離，然后冰上反應裂解，收集獲得單核懸液。
▲ 細胞核臺盼藍染色鏡檢，顯示細胞碎片等雜質＜10%
“ 單核RNA-seq 準備單核懸液計數質量控制滿足后續測序上機需求，測序步驟大致包括，核分離為單個加入試劑被包裹為液滴/液珠，后經過***系列逆轉錄、cDNA擴增、文庫構建等處理，再使用適當的平臺對文庫進行測序，***后進行數據分析得到測序結果。 總而言之，單細胞核測序技術在樣本適用性上較單細胞 RNA 測序技術更有優勢，單細胞核的制備相對于單細胞懸液的制備要更簡單，獲得的基因信息相對更加豐富。然而，當面臨選用何種測序手段的問題時，仍然應當依據實際情況來做出決策，單細胞核測序無法完全取代單細胞RNA測序。單細胞核 RNA 測序的應用仍需要不斷地進行探索和研究。
(文章來源于儀器網)
